| # | Title | Length |
|---|
| 1 | バース島消滅 (M-2) | 0:25 |
| 2 | メインタイトル・香港破壊 (M-3) | 3:10 |
| 3 | オキシジェンデストロイヤー (M-4) | 0:48 |
| 4 | 海底トンネルの異変 (M-5 (M-5)) | 0:19 |
| 5 | ゴジラ、台湾沖を進む (M-6) | 0:26 |
| 6 | 核爆発・地球炎上 (M-7 (M-7+M-3+M-29用シンバル)) | 0:33 |
| 7 | 船上レストランBGM (M-8) | 0:55 |
| 8 | オキシジェンデストロイヤーの恐怖 (M-9 (M-9)) | 0:35 |
| 9 | フラスコの穴 (M-10) | 0:18 |
| 10 | 水族館の悪夢 (M-11 (M-11)) | 1:01 |
| 11 | 微小生物判明 (M-12) | 0:54 |
| 12 | ゴジラ、沖縄沖を進む (M-13 (M-13)) | 0:28 |
| 13 | 謎の生物出現 (M-16 (M-16+M-29用シンバル)) | 1:27 |
| 14 | ゆかりの危機 (M-19 (M-19・27)) | 1:13 |
| 15 | ゴジラ、原発に向かう (M-21) | 0:38 |
| 16 | スーパーX IIIスタンバイ (M-22 (M-22)) | 0:43 |
| 17 | スーパーX IIIの攻撃 (M-23B (M-23B)) | 2:00 |
| 18 | 生きていたリトル (M-24 (M-24)) | 0:51 |
| 19 | メルトダウン (M-25) | 0:14 |
| 20 | メーサータンク超低温攻撃 (M-26 (M-26)) | 1:09 |
| 21 | デストロイア誕生 (M-27 (M-19・27)) | 1:13 |
| 22 | ジュニアを誘導 (M-28 (M-28)) | 0:47 |
| 23 | デストロイアの猛威 (M-29 (M-40)) | 1:21 |
| 24 | ジュニアVSデストロイア (M-31 (M-31)) | 1:38 |
| 25 | ゴジラ、東京湾に出現 (M-32A (M-38)) | 0:35 |
| 26 | ジュニア絶体絶命 (M-32B (M-1)) | 0:12 |
| 27 | デストロイア最終形態 (M-34 (M-3)) | 0:44 |
| 28 | スーパーX III急行せよ (M-35 (M-15)) | 1:01 |
| 29 | 瀕死のジュニア (M-37 (M-37)) | 0:48 |
| 30 | ゴジラの決意 (M-38 (M-38)) | 0:45 |
| 31 | ゴジラVSデストロイア[1] (M-39B(G-EX) (G-EX)) | 1:21 |
| 32 | ゴジラの猛攻 (M-39A (M-39A)) | 0:53 |
| 33 | デストロイアの反撃 (M-40 (M-40)) | 1:34 |
| 34 | 悲しみの咆哮 (M-41 (M-41)) | 1:12 |
| 35 | ゴジラVSデストロイア[2] (M-42 (M-42)) | 0:59 |
| 36 | ゴジラ、最後の戦い (M-43B (M-3)) | 1:18 |
| 37 | レクイエム (M-44A (M-44A)) | 3:02 |
| 38 | エンディングタイトル (M-45) | 2:50 |
| 39 | タイトルアタック (M-3タイトルアタック) | 0:17 |
| 40 | 特殊部隊VS謎の生物 (M-17 (M-15)) | 1:09 |
| 41 | 謎の生物の恐怖 (M-18 (M-3)) | 0:52 |
