| 1987 | Les Sonates pour clarinette et piano | Johannes Brahms; Guy Dangain, Jean‐François Heisser | 1 |
| 1988 | Prélude elégiaque / La Plaint, au loin, du faune... / Variations, interlude et finale / Sonate | Paul Dukas; Jean-François Heisser | 1 |
| 1989 | Piano Works | de Falla; Jean-François Heisser | 2 |
| 1992 | Danzas españolas / Escenas románticas | Enrique Granados; Jean-François Heisser | 1 |
| 1992 | Le Carnaval des animaux / Wedding Cake / Septuor / Caprice | Saint‐Saëns; Guennadi Rojdestvenski, Viktoria Postnikova, Jean‐François Heisser | 1 |
| 1992 | Sonata for Two Pianos and Percussion / Suite for Two Pianos | Béla Bartók; Jean‐François Heisser, Georges Pludermacher, Guy-Joël Ciprinani, Gérard Pérotin | 2 |
| 1993 | Transcriptions pour piano à quatre mains ou deux pianos | Claude Debussy; Jean-François Heisser, Georges Pludermacher | 1 |
| 2000 | Violin Sonata no. 1, Sz. 75 / Violin Sonata no. 2, Sz. 76 | Béla Bartók; Péter Csaba & Jean‐François Heisser | 1 |
| 2000 | Piano Sonata, op. 1 / String Quartet, op. 3 (piano four hands version) / Chamber Concerto | Alban Berg; Jean‐François Heisser, Marie‐Josèphe Jude, Péter Csaba, Prague Wind Quintet, Czech Soloists, Vladimír Válek | 1 |
| 2001 | Cançons i danses / Suburbis / Cants mágics | Federico Mompou; Jean-François Heisser | 2 |
| 2002 | Schubert: Piano Quintet “The Trout” - Hummel: Piano Quintet | Schubert, Hummel; Jean‐François Heisser, Pavel Hůla, Josef Klusoň, Michal Kaňka & Jiří Hudec | 1 |
| 2004 | “La Ville [… Première Sonate…]” | Philippe Manoury; Jean‐François Heisser | 1 |
| 2004 | Sonata for Two Pianos and Percussion / The Miraculous Mandarin / Two Pictures | Béla Bartók; Jean-François Heisser, Marie-Josèphe Jude, Florent Jodelet, Michel Cerutti | 1 |
| 2004 | The Violin Sonatas | Brahms; Petér Csaba, Jean‐François Heisser | 1 |
| 2008 | Piano Sonata no. 2, op. 39 / Piano Sonata no. 3, op. 49 / Invitation to the Dance, op. 65 | Carl Maria von Weber; Jean‐François Heisser | 1 |
| 2009 | Harold en Italie | Berlioz; Bruno Pasquier, Jean‐François Heisser | 1 |
| 2011 | Fantasie-Stück pour violoncelle et orchestre / Suite concertante pour violoncelle, piano et orchestre /Concerto capriccioso pour piano et orchestre / In memoriam mortuorum / Andante cantabile pour violoncelle et orchestre | Théodore Dubois; Jean-François Heisser, Marc Coppey, Orchestre Poitou-Charentes | 1 |
| 2018 | Symphonie fantastique | Hector Berlioz; Jean‐François Heisser, Marie‐Josèphe Jude | 2 |
| 2021 | Mantra | Karlheinz Stockhausen; Jean-Frédéric Neuburger, Jean‐François Heisser, Serge Lemouton | 1 |
| 2022 | Des canyons aux étoiles | Olivier Messiaen; Orchestre de Chambre Nouvelle-Aquitaine, Jean‐François Heisser, Jean-Frédéric Neuburger | 2 |
| 2025 | Ravel l’Alchimiste | Ravel; Orchestre de Chambre Nouvelle-Aquitaine, Jean‐François Heisser | 1 |
| — | Falla: Nights in the Gardens of Spain / Albéniz: Concierto fantástico / Rapsodia española / Turina: Rapsodia sinfónica | Falla, Albéniz, Turina; Jean-François Heisser, Orchestre de Chambre de Lausanne, Jesús López-Cobos | 1 |
| — | Trios Op. 65 & Op. 90 | Antonín Dvořák; Jean-François Heisser, Elisabeth Balmas, Roland Pidoux | 1 |
